O aeroporto possui um Plano de Gestão Ambiental (PGA) e o Plano de Gerenciamento da Biodiversidade faz parte dele.
Para subsidiar as ações de monitoramento da Biodiversidade no Sítio Aeroportuário nas questões relacionadas a Flora, foi elaborado inventário florestal do Sítio Aeroportuário em que foram identificadas e detalhadas as espécies presentes dando ênfase nas espécies tombadas como patrimônio ecológico urbanístico do Distrito Federal.
O inventário foi elaborado a partir das diretrizes do decreto nº 39.469/2018 para gerenciamento de espécies da flora. Nas questões relacionadas a fauna o aeropoto realiza pesquisa a respeito dos ecossistemas terrestres faunísticos que resultou na elaboração de um diagnóstico direcionado para os grupos da fauna de vertebrados terrestres local (Mastofauna, Ornitofauna, Herpetofauna) abrangendo toda a diversidade de hábitats do Aeroporto, fornecendo conhecimentos para subsidiar as tomadas de decisões quanto à conservação e manejo da fauna local. O aeroporto segue o plano de manejo da APA Gama e Cabeça de Veado aprovado pelo Decreto número 27.474/2006. O aeroporto também possui Plano de Manejo de Fauna que segue as diretrizes da Lei 12.725/2012, CONAMA 466/2015 com diretrizes para atuação da conservação das espécies da fauna e Lei Complementar 140/2011.
O aeroporto realiza o controle de flora de todo o Sítio Aeroportuário por meio de inventários florestais, vistorias realizadas pela Engenheira Florestal e monitoramento por imagens de satélite. As espécies alvos são principalmente as espécies Tombadas como Patrimônio Ecológico urbanístico do Distrito Federal, contidas no artigo 45 do decreto nº 39.469/2018 por exempo Pequi, Ipês, Jacarandá do Cerrado.
O aeroporto realiza o monitoramento e controle de fauna do sítio aeroportuario por meio da pesquisa e monitoramento dos ecossistemas terrestres faunísticos e no diagnóstico direcionado para os grupos da fauna de vertebrados terrestres local (Mastofauna, Ornitofauna, Herpetofauna). São realizadas amostragens dos principais tipos fitofisionômicos encontrados , são reconhecidos os diferentes tipos de microhabitats e verificados quais fatores afetam a composição das taxocenoses. Realizamos o atendimento e contole das condicionantes ambientais estabelceidas nas autorizações de manejo de fauna emitidas pelo órgão ambiental.
O Aeroporto possui também um Plano de Ação Específico para Conservação das espécies ameaçadas de extinção tais como tamanduá bandeira, gato do mato, lobo guará e raposa do campo.
O Aeroporto realiza ações de preservação da vegetação, combate ao desmatamento ilegal, reflorestamento, compensação ambiental a partir do plantio de árvores, fiscalização no sítio aeroportuário e sua patrimonial com rondas de seguranças e câmeras de monitoramento (evitando a caça, grilagem e o desmatamento das áreas de mata nativa), a equipe de fauna realiza o afugentamento e resgate de fauna destinando os espécimes para os locais adequados, campanhas de sensibilização contra tráfico de animais silvestres, promovendo a conscientização da proteção das espécies animais ameaçadas, campanhas de conscientização para a conservação da biodiversidade dos colaboradores e da população.
Na área patrimonial do Aeroporto de Brasília há um grande remanescente de vegetação nativa do bioma Cerrado, onde são realizados aceiros anualmente para evitar a ocorrência de incêndios florestais, muito comuns na época de seca no Distrito Federal.